「平成28年熊本地震」が4月14日に発生したことを受けて、日医では翌15日、可能な限りの支援や情報提供を行うため、横倉義武会長を本部長とした「日本医師会災害対策本部」を会内に設置することを決定した。
同本部では、15日に横倉会長に塩崎恭久厚生労働大臣から直接、電話により医療支援に関する協力要請があったことを受け、担当の石井正三常任理事が中心となって被災地域の県医師会・郡市区医師会と連絡を取りながら、必要な医療支援、物資などに関する要望の把握に努めている。
JMATに関しては、15日に熊本県医師会が編成する医療チームをJMATとして位置付けることとし、16日には、「平成28年熊本地震」の本震が発生したこと等の状況を踏まえ、JMATの派遣元となる医師会を全国の都道府県医師会に拡大することを決め、被災地域の医師会を除く都道府県医師会に協力を要請。今回のJMATの派遣は、「九州医師会連合会災害時医療救護協定書」（平成26年7月4日締結）を基本としているため、九州各県医師会のチームを優先して派遣を開始した。
更に、日医では、南海トラフ大震災を想定した衛星利用実証実験で活用したクラウド（OpenNetKarte）を今回の地震向けに設定し直して利用することを決めた他、担当の地域医療第一課等が収集した情報を「日本医師会ニュース『平成28年熊本地震』」としてまとめ、都道府県・郡市区医師会宛てにFAXで提供するとともに、日医ホームページに掲載することにしている。
今回の地震発生を受けて、横倉会長は、「亡くなられた方々のご冥福をお祈りするとともに、多くの被災された方々に対しては心よりお見舞い申し上げたい。避難されている方々も多くあり、それらの人々に対する精神的なケアも含めた長期的な医療支援は不可欠であると考えている。日医としても、地元の医師会の要望を基に、被災地域の復旧に向けて全力で取り組んでいく所存であり、会員の先生方にはご支援・ご協力をお願いしたい」としている。
